Серьезным пополнением фондов Кунсткамеры и Библиотеки стали поступившие в Академию наук в 1736 году собрание редкостей и библиотека Якова Вилимовича Брюса (1669–1735), сподвижника Петра I, генерал-фельдцейхмейстера, ученого-энциклопедиста.
Коллекция Якоба Брюса, «русского Фауста», «чернокнижника», ньютонианца, по составу и количеству входивших в нее предметов могла соперничать с собранием Петра I: она включала научные инструменты, в основном оптические, минералы и руды, картины и портреты, большую коллекцию китайских вещей, археологические памятники, а библиотека насчитывала более полутора тысяч томов.
После смерти владельца в 1735 году все собрание вместе с библиотекой было отправлено из его подмосковного имения Глинки в Петербург на 30 подводах. Передача коллекций и библиотеки в Академию наук шла в течение 1736–1737 годов. Еще в 1735 году, когда президент Академии барон И.А. Корф ходатайствовал перед императрицей Анной Иоанновной о передаче «дорогих» и «редких» вещей из коллекции Брюса в Кунсткамеру, предполагалось хранение их и библиотеки как единого целого, «на особливом месте». Однако вещи «из Брюсовых пожитков» как единая коллекция не сохранились, также как и книги, которые были разделены по отраслям знания в академической Библиотеке. Книги библиотеки Брюса имели экслибрис – герб с девизом «Fuimus» – «Мы были», что дало возможность установить принадлежность книг из фондов академической Библиотеки Брюсу. Сложнее с коллекцией, поскольку в каталоге Кунсткамеры источник поступления указывался редко. Однако ряд документов позволяет атрибутировать многие кунсткамерские вещи, прежде всего, китайские, собранию Я.В. Брюса.