К зданию Кунсткамеры на Васильевском острове посетителей подвозили гребцы на лодках. Вход был не с набережной Невы, а с северной стороны. По лестнице мимо переплетной мастерской и магазина «книг академической печати» пришедшие оказывались в нижнем зале Библиотеки. Вдоль стен в простенках между окнами и внутри по периметру стояли 46 шкафов.
Там были книги по истории, церковной истории, философии, ораторскому искусству, математике, географии. На этом же этаже у помощника библиотекаря стояли 4 шкафа с каталогами Библиотеки, «всем вещам находящимся в Императорской кунсткамере», отдельный шкаф – для каталогов других европейских кунсткамер и коллекций. На втором этаже Библиотеки в 22 шкафах находились книги по анатомии, медицинские, по химии, по натуральной истории. В кабинете библиотекаря Шумахера стояли 4 шкафа с рукописными книгами. На третьем этаже размещались книги по садоводству, архитектуре, генеалогии, оптике, гидравлике, атласы и карты, книги китайские, турецкие, персидские, в одном шкафу были сосредоточены издания Академии наук на русском языке, а трех – русские печатные, в других трех рукописные книги. По свидетельству К.Р. Берка
